新一代测序在癌症中的临床应用
利用新一代测序（NGS）技术，人们已经完成了多种癌症的外显子组测序和基因组测序，并提出了癌症分型的新标准。以乳腺癌为例，癌症基因组图谱（Cancer Genome Atlas）测序了510个乳腺癌外显子组，将其分为四个亚型：luminal A、 luminal B、HER2-enriched和basal-like。

测序所产生的信息让医生能够做出更好的诊断和治疗决策。在过去，乳腺癌是通过乳腺X光检查、体检和组织学来诊断的。BRCA1、BRCA2及其他生物标志物的发现让遗传学成为一个重要的考虑因素。如今，一些市售的芯片型检测能够根据生物标志物对乳腺癌进行更准确的分型。与诊断的改进相对应，癌症相关基因的鉴定也促进分子靶向疗法的开发，如赫赛汀，这是第一个特异针对HER2+乳腺癌的疗法。

当然，研究人员和临床医生还面临许多挑战。随着大量数据的生成，医疗保健机构需要新的策略来解释数据。此外，由于医疗保健供应商、生物医药行业、保险公司以及学术研究之间存在着复杂的关系，测序普及的经济影响还不是很清楚。【详细内容】

大型研究为癌症基因组分析奠定基础
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液体活检：收集肿瘤特异的指纹
如果医生想深入了解肿瘤，他们的选择很有限。他们可以扫描相关区域、采集组织活检，或监控血液的标志物，如PSA或CA 125。不过，这些都不太理想：成像的分辨率不高，活检是侵入性的，而良好的标志物是少之又少。

最理想的情况是，研究人员能通过简单的血液检测来实现组织活检的敏感性和特异性。如今，液体活检的出现，让这一切成为可能。

肿瘤特异的指纹有两种形式。循环肿瘤细胞（CTC）是从肿瘤上脱落的活细胞，可能代表了转移的种子；循环肿瘤DNA（ctDNA）则是来自死细胞的遗传物质，通常以DNA短片段的形式存在。【详细内容】

液体活检开启癌症早期诊断大门
液体活检：无创的癌症检测

癌症的伴随诊断：NGS是否有一席之地？
在临床试验中，利用伴随诊断来指导治疗，可鉴定出最有可能响应特定疗法的患者群体，从而改善治疗反应。这些检测不仅能指示分子靶点的存在，还能提示治疗的脱靶效应，预测与药物相关的毒性和副作用。

不过，基于NGS的检测还未被批准用于癌症的伴随诊断。所有已批准的检测包括PCR检测、免疫组化和原位杂交技术。尽管FDA已批准Illumina的MiSeqDx测序仪用于囊性纤维化的筛查和诊断，“但将NGS用于靶向肿瘤药物还必须克服多个挑战，”DAKO顾问Jan TrØst JØrgensen评论道。

目前有哪些伴随诊断已获得批准？
QIAGEN的伴随诊断试剂获得FDA批准指导易瑞沙的使用

基因组学如何影响肿瘤学未来的发展？
基因组学正在改变肿瘤研究，其最终目标是推进癌症的诊断、治疗、监控及最终的筛查方式。Illumina的肿瘤业务副总裁John Leite 介绍了这一领域的最新进展，以及随着今天的研究转化为临床，他对未来的期望。

“癌症通常是按照其形态来分类的，这指的是病理学家在显微镜下看到的内容。如今，我们的癌症分类依据开始从形态特征转变为更有效治疗的方式，而发生的主要转变在很大程度上归功于基因组研究。我喜欢用的一个例子是骨髓增生异常综合征（MDS），这是白血病的一种。……基因组学正帮助我们根据遗传标志物来定义疾病，这些标志物可能激发肿瘤恶变，可作为治疗靶点。”

“我们也在评估ctDNA，以监控治疗后或手术后的干预。如果我们能确定患者癌症的单个突变克隆，我们也能监控血液中的这些相同变异。在连续治疗或干预后，我们期望变异被清除，不会再次出现，因为这可能与复发相关。如果我们再次看到变异，这也许是一个早期警告信号，提示人们改变疗法或以不同的方式干预。”